Berkat kualitasnya yang menanjak, Aji dipanggil untuk memperkuat Timnas Indonesia. Bersama Timnas Aji berhasil meraih Medali Emas Sea Games Filipina tahun 1991. Sejak saat itu hingga 2016, Timnas tidak pernah kembali meraih medali emas dalam perhelatan bergengsi se-Asia Tenggara itu. Kehadiran Aji di lapangan memberikan warna pembeda dalam tim. Aji adalah salah satu bek kiri terbaik Indonesia. Memiliki postur tubuh yang mungil sekitar 167 cm, tidak membuatnya lemah. Ia sanggup bersaing dengan para pemain lainnya.Â
Bahkan Aji dikenal salah satu kapten terbaik pada masanya, tidak heran membuatnya banyak klub besar merekrutnya, seperti Arema Malang, Persebaya Surabaya, PSM Makassar. Kehebatannya dalam bermain sebagai bek kiri, ia menjadi salah satu pemain Indonesia yang cukup lama membela timnas selama 9 tahun dalam kurun waktu 1990 - 1999. Tidak hanya di Timnas, Aji juga berprestasi di klubnya. Ia tercatat sebagai pemain yang berhasil mempersembahkan gelar juara liga sebanyak tiga kali, yakni untuk Arema (1992/1993), Persebaya Surabaya (1997/1998), dan PSM Makasar (1999/2000).
Setelah malang melintang sebagai pemain sepakbola, Aji memutuskan pensiun bermain bola saat di Arema Malang musim 2002-2004. Ia gantung sepatu pada usia 34 tahun. Setelah pensiun ia memilih untuk menjadi pelatih sepakbola. Karier kepelatihan Aji dimulai sebagai pelatih di SSB Arema. Selanjutnya, ia melatih Akademi Arema, Timnas U-17, PON Jatim, Persik Kediri, Persebaya Surabaya, Persisam Putra Samarinda, dan Persela Lamomgan.
Pada akhir tahun 2010, nama Aji masuk radar PSSI untuk menangani Tim Nasional Indonesia. Ia pun dipercaya untuk menangani Timnas U-23. Dimulai sebagai asisten hingga menjadi pelatih Timnas U-23 sejak 2014.
Prestasi Aji sebagai pelatih Timnas bisa dibilang belum segemilang saat ia menjadi pemain membela tanah air. Ketika menjadi Asisten Pelatih timnas U-23Â hanya meraih perak Sea Games Myanmar 2013. Dari Timnas, Aji Santoso mencoba menyelamatkan Persela Lamongan dari keterpurukan di dasar klasemen. Tak lama di Persela, pada kwartal pertama tahun 2016, Aji sepakat menangani tim 'Singo Edan' alias Arema FC. Ia memulai dengan prestasi. Mengalahkan Pusamania Borneo FC dengan skor telak 5-1 di final mengantarkan Arema FC juara Piala Presiden 2017.
Sebenarnya, prestasi Aji di tim berjuluk Singo Edan ini terbilang lumayan. Prestasi lain yang ditorehkan lainnya adalah dari total 17 kali bermain, Aji mencatat tujuh kemenangan, lima imbang, dan lima kalah. Dengan torehan 26 poin, Arema FC saat ini duduk di peringkat ke-7 dalam klasemen sementara Liga 1.
Arema sempat menjadi satu-satunya tim dari 18 klub yang berkompetisi di Liga 1 dan tidak pernah kebobolan hingga pekan keempat Liga 1. Bahkan, Arema FC mencatat hanya sekali kalah di kandang pada seluruh laga putaran pertama Liga 1. Setelah gagal membawa Arema ke papan atas klasemen putaran pertama Liga 1 2017, Aji mengundurkan diri dari kursi pelatih.