Saat itu, JAT dicurigai terlibat dalam berbagai kejahatan antara lain perampokan bank untuk mendanai kegiatan mereka, termasuk serangan bom bunuh diri di sebuah gereja di Solo, Jawa Tengah tahun lalu dan sebuah masjid di Cirebon, Jawa Barat.
JAT didirikan oleh Ba'asyir setelah keluar dari Jemaah Islamiah, yang dinyatakan berada di belakang bom Bali 2002 dan beberapa kasus terorisme. (*)