ISQI Sunan Pandanaran sendiri merupakan transformasi dari Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Sunan Pandanaran. Perubahan status menjadi institut telah mendapat pengesahan Kementerian Agama setelah melalui proses asesmen yang komprehensif.
Lembaga ini berada di bawah naungan Yayasan Pondok Pesantren Sunan Pandanaran, yang didirikan oleh KH. Mufid Mas’ud dan kini diasuh oleh Dr. KH. Mu’tashim Billah, S.Q., M.Pd.I. (Dev)
